Paul McCartney F-dúrban írt dalának felvételei 1965. június 14-én kezdődtek és három nappal később – egy plusz ráénekléssel, valamint a producer George Martin javaslatára vonóskvartett-szólam rögzítésével – be is fejeződtek a londoni Abbey Road stúdióban. Az akkor 23 éves zenész a Yesterday alapját képező gitársávot és az énekalapot mindössze két nekifutással játszotta fel.

Akárcsak három nappal korábban, a június 17-i felvételi napon sem jelent meg más a Beatles tagjai közül. Ott volt viszont két hegedűs, Tony Gilbert és Sidney Sax, a brácsás Kenneth Essex, valamint a csellós Francisco Gabarro.

Amint az a róla szóló több életrajzi könyvben szerepel, McCartney a Yesterdayt azután írta, hogy akkori barátnője, Jane Asher és családja Wimpole street-i otthonában egy reggel a dallammal a fejében ébredt. Rögtön a zongorához ment és lejátszotta, nehogy később elfelejtse.

Ami a Beatlest illeti, Johnnak, George-nak és Ringónak tetszett a dal, de fogalmuk sem volt arról, mit kezdjenek vele. Ahogy McCartney egy interjúban fogalmazott, a többiek kicsit kínosnak érezték, hogy egy rockbanda egy vonós hangszerekkel felvett balladával jelentkezik, ezért is „rejtették el” az 1965-ben kiadott Help! című nagylemez B oldalának utolsó előtti számaként.